Naš novi rad naziva Fast and simple algorithm for computing both LCSk and LCSk+, dostupan je preko servisa bioRxiv (https://arxiv.org/pdf/1705.07279.pdf). Glavna mana postojećih algoritama za računanje LCSk i LCSk+ jest da dobro rade ili za prosječni ili na najgori slučaj. Naš rad predstavlja jedan algoritam kojim se može izračunati i LCSk i LCSk+, a koji ima znatno bolje performanse od postojećih algoritama, te koristi samo jednostavne strukture podataka zbog čega se lako primjenjuje. Rad također predstavlja i algoritam za rekonstrukciju rješenja, koji donosi znatno poboljšanje u potrošnji računalne memorije.

  

EdLib je C/C++ biblioteka za brzo i točno određivanje pravnanja dvaju nizove koristeći algoritam edit distance. Jednostavan je za korištenje, fleksibilan te nije memorijski zahtjevan. Očekujemo da će ga se u budućnosti koristiti u raznim bioinformatičkim alatima. Rad je nedavno prihvaćen za objavljivanje u časopisu Oxford Journals Bioinformatics.

Rad se temelji na diplomskom radu Martina Šošića i možete ga pronaći OVDJE.

Image may contain: 1 person, smiling, closeup and outdoor

Tim znanstvenika iz FER-ovog Laboratorija za bioinformatiku i računalnu biologiju u suradnji Institutom Ruđer Bošković i s A*STAR Genome Institute of Singapore (GIS) razvili su novu metodu za sastavljanje genoma na temelju dugih očitanja s velikim postotkom pogreške, tipičnih za uređaje za sekvenciranje treće generacije. U usporedbi s postojećim metodama, razvijenom metodom moguće je postići ubrzanje i do nekoliko stotina puta sačuvajući točnost.

Na radu su sudjelovali članovi Laboratorija za bioinformatiku i računalnu biologiju izv. prof. Mile Šikić i Robert Vaser, mag. ing. sa FER-a, dr. sc. Ivan Sović sa Instituta Ruđer Bošković te dr. sc. Niranjan Nagarajan s A*STAR Genome Institute of Singapore (GIS).

Rad je objavljen u prestižnom časopisu Genome Research s faktorom odjeka 11.351. Možete ga pronaći OVDJE.