Određivanje patogenih organizama iz niza sekvenciranih RNA podataka

Trajanje: 2014-2015

Financiranje: BICRO POC 5

Jedan od glavnih zadatak medicinske dijagnostike je utvrđiovanje prisustva patogenih organizama u čovjeku. U tom cilju, uvježbani profesionalci trebaju pratiti simptome, a uzorak inficiranoga tkiva je potrebno poslati u laboratorij. Opisana procedura može dugo trajati, a opet ne donijeti zadovoljavajuću dijagnozu. Nove tehnologije RNA sekvenciranje mogu brzo vratiti cijelokupni genetski sadržaj inficirane stanice i na taj način imaju potencijal za postati univerzalne metode za utvrđivanje i određivanje patogena. U ovome projektu mi predstavljamo računalnu metodu određivanja patogena. Usporedbom sekvenciranog transkriptoma zaražene stanice s genetskim materijalom dostupnim u različitim biološkim baza, predložena metoda je u stanju identificirati ne samo prisutne organizme, nego i aktivne gene u trenutku sekvenciranja. Ovo je moguće potići mapiranjem dijelova genetskoga materijala iz sekvencera na gene stanice domaćina ili mogućih patogena i naknadnom statističkom procjenom koje organizmi određeno očitanje pripada.