Razvoj brzih i preciznih računalnih metoda detekcije i analize virusa ljudske imunodeficijencije (HIV) temeljenih na sekvenciranju

 

Trajanje projekta: 6/2017 - 2/2018

Financiranje: Projekt je djelomično financiran od strane Hrvatske elektroprivrede, natječaj "Svjetlo na zelenom putu"

 

Cilj projekta je razvoj brzih i preciznih metoda za detekciju i analizu virusa HIV, temeljenih na sekvenciranju. Prvi dio projekta bavi se metodama za utvrđivanje kimernih očitanja i bioinformatičkom analizom podataka dobivenih sekvenciranjem. Kimerna očitanja su umjetne sekvence koje nastaju zbog bioloških procesa i znatno otežavaju kasniju analizu podataka. Njihovim otkrivanjem i uklanjanjem, analiza se ubrazava te se znatno povećava točnost. Drugi dio projekta bavi se razvojem protokola za izolaciju genomske RNA virusa HIV i njeno sekvenciranje tehnologijom nanopora. Tehnologija sekvenciranja nanoporama, nova je i nadolazeća tehnologija koja pokazuje obećavajuće rezultate. Naš laboratorij ima veliko iskustvo u radu s tom tehnologijom i smatramo da je ona najbolji izbor za ovakva istraživanja. 

Projektni tim

Članovi projekta:

  • Izv. prof. dr. sc. Mile Šikić - Sveučilište u Zagrebu Fakultet elektrotehnike i računarstva
  • Doc. dr. sc. Petra Korač - Biološki odsjek Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu
  • Doc. dr. sc. Snježana Židovec Lepej - Klinika za infektivne bolesti "Fran Mihaljević"