EdLib je C/C++ biblioteka za brzo i točno određivanje pravnanja dvaju nizove koristeći algoritam edit distance. Jednostavan je za korištenje, fleksibilan te nije memorijski zahtjevan. Očekujemo da će ga se u budućnosti koristiti u raznim bioinformatičkim alatima. Rad je nedavno prihvaćen za objavljivanje u časopisu Oxford Journals Bioinformatics.

Rad se temelji na diplomskom radu Martina Šošića i možete ga pronaći OVDJE.

Image may contain: 1 person, smiling, closeup and outdoor

Tim znanstvenika iz FER-ovog Laboratorija za bioinformatiku i računalnu biologiju u suradnji Institutom Ruđer Bošković i s A*STAR Genome Institute of Singapore (GIS) razvili su novu metodu za sastavljanje genoma na temelju dugih očitanja s velikim postotkom pogreške, tipičnih za uređaje za sekvenciranje treće generacije. U usporedbi s postojećim metodama, razvijenom metodom moguće je postići ubrzanje i do nekoliko stotina puta sačuvajući točnost.

Na radu su sudjelovali članovi Laboratorija za bioinformatiku i računalnu biologiju izv. prof. Mile Šikić i Robert Vaser, mag. ing. sa FER-a, dr. sc. Ivan Sović sa Instituta Ruđer Bošković te dr. sc. Niranjan Nagarajan s A*STAR Genome Institute of Singapore (GIS).

Rad je objavljen u prestižnom časopisu Genome Research s faktorom odjeka 11.351. Možete ga pronaći OVDJE.

Jedan od članova Laboratorija uspješno je obranio svoju doktorsku disertaciju pod nazivom Algorithms for de novo genome assembly from third generation sequencing data.

Image may contain: 1 person, screen and indoor