Doktorske disertacije:

Ivan Sović,  Algoritmi za de novo sastavljanje genoma iz sekvenciranih podataka treće generacije, 2016 (pdf

Nino Antulov-Fantulin, Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks,(2015) (pdf)

 

Diplomski i završni radovi:

Kompleksne Mreže:

Miholić, I. Detectability of Patient Zero Depending on its Position in the Network, 2016 (pdf)

Miholić, I.  Information propagation in online social networks, 2014 (pdf)

Šterbić, L. Sastavljanje optičkih mapa: Modul za korekciju grafa, 2013 (pdf)

Rakipović, A. Simulacija utjecaja okupljanja zarazenih gripom na širenje epidemija, 2010 (pdf)

Ogrizek Tomaš, M. Simulacija utjecaja karantena na smanjenje širenja epidemija, 2010 (pdf)

Carević, B. Facebook aplikacija za mjerenje popularnosti, 2009 (pdf)

Miloš, I. Utjecaj karantene i imunizacije na širenje zaraze u kompleksnim mrežama, 2008 (pdf)

Piškorec, M. Identifikacija ključnih igrača u kompleksnim mrežama blogova, 2008 (pdf)

Antulov-Fantulin, N. Utjecaj zaraze na svojstva kompleksne mreže, 2008 (pdf)

Nikolić, D. Simulator i analizator kompleksnih mreža, 2005 (pdf)

Bioinformatika:

Babojelić, D. Overlapping Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data (2020)

Paulinović, M. Microbe Detection Using Signal Processing and Locality Sensitive Hashing (2020)

Šaravanja, M. Sustav za praćenje ispitanika tijekom pretraživanja Google tražilicom (2020)

Brekalo, T. De Novo Metagenome Assembly Using Third Generation Sequencing Data (2020)

Martinović, I. Pipeline for Detection Clusters of Modified Nucleotides in Nanopore Sequenced RNA Reads (2020)

Yatsukha, R. De Novo Diploid Assembly Using Third-Generation Sequencing Data (2020)

Wolf, F. Popravljanje djelomično sastavljenoga genoma pomoću Hi-C očitanja (2020)

Rupe, M. Early Screening for Preeclampsia (2019)

Floreani, F. Classification of 1D-Signal Types Using Deep Learning (2019)

Lipovac, J. Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima (2019)

Batić, D. Mapiranje slijeda na graf (2019)

Pongračić, K. Mapiranje dugačkih očitanja (2019)

Pavlić, S. Mapiranje kratkih očitanja (2019)

Penić, R. J. Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja (2019)

Deur, S. Using Reference Database for Plasmid Prediction (2019)

Kosier, S. Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem (2019)

Relić, B. Klasifikacija očitanja koristeći metode dubokog učenja (2019)

Bakić, S. De novo sastavljanje genoma vođeno referencom (2019)

Vrček, L. Poliranje DNA slijeda koristeći metode dubokog učenja (2019)

Požega, L. Gornja granica u sastavljanju genoma (2019)

Jurić, A. Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads, 2018 (pdf)

Krpelnik, I. Popunjavanje rupa sastavljenih genoma pomoću dugačkih očitanja, 2018 (pdf)

Žuljević, P. Pretraživanje baza proteina pomoću djelomično uređenog poravnanja, 2018 (pdf)

Škugor, L. De novo sastavljanje metagenoma koristeći metode za grupiranje očitanja, 2018 (pdf)

Miculinić, N. S kraja na kraj model dubokog učenja za određivanje očitanih baza dobivenih uređajem za sekvenciranje MinION, 2018

Babojelić, D. Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova 2018, (pdf)

Vršnak, D. Landau-Vishkin-Nussinov algoritam za poravnanje dva niza 2018, (pdf)

Sodić, F. Približni algoritam za brzo računanje poravnanja dvaju dugačkih nizova 2018, (pdf)

Fureš, M. Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja 2018, (pdf)

Šaravanja, M. Sustav za pohranu DNA 2018, (pdf)

Paulinović, M. Naučene indeksne strukture 2018, (pdf)

Baksa, M. Mobilna aplikacija za prikupljanje podataka o korisničkoj aktivnosti 2018, (pdf)

Megla, L. Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies 2017, (pdf)

Tomljanović, J. Identification of 1D-Signal Types Using Unsupervised Deep Learning 2017, (pdf)

Šebrek, T. Classification of 1D-Signal Types Using Semi- Supervised Deep Learning 2017, (pdf)

Ratković, M. Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads 2017, (pdf)

Baćac, A. Classification of Large-Scale Biological Annotations Using Word Embeddings Derived from Corpora of Biomedical Research Literature 2017, (pdf)

Rupe, M. Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije 2017, (pdf)

Kutnjak, M. dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine 2017, (pdf)

Floreani, F. Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma, (pdf)

Bradač, M. Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja 2017, (pdf)

Vujević, I. Real-Time Analysis of a Metagenomic Sample Obtained by Nanopore Based Sequencingg Technology 2016, (pdf)

Jurić, A. Poravnanje dugačkih RNA očitanja, 2016 (pdf)

Krpelnik, I. Poravnanje RNA očitanja na poznate gene, 2016 (pdf)

Škugor, L. Stablo Bloomovih filtara za spemanje sljedova, 2016 (pdf)

Kostelac, M. De novo Assembly Using Long Error-prone Reads, 2016 (pdf)

Šterbić, L.  EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Extending Reads, 2015, (pdf

Hadviger, A. Poboljšano sufiksno polje, 2015 (pdf)

Selak, A.M.  Rekonstrukcija filogenetskog stabla metodom maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju, 2015 (pdf)

Baćac, A. Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomično uredenih višestrukih poravnanja, 2015 (pdf)

Čulinović, M. Scaffolding using long error-prone reads, 2015 (pdf)

Ratković, M.  Alat za poravnanje dugačkih očitanja, 2015 (pdf)

Humski, D. A reduced gene database for precision species detection, 2015 (pdf)

Vaser, R.  De novo transcriptome assembly, 2015 (pdf)

Marić, J.  Long Read RNA-seq Mapper, 2015 (pdf)

Šošić, Martin An SIMD dynamic programming C/C++ Library, 2015 (pdf)

Žužić, G. Global sequence alignment tool, 2015 (pdf)

Pavlović, D. Splice isoform identification from transcript graphs, 2015 (pdf)

Megla, L. Rekonstrukcija filogenetskog stabla koristeći metodu udruživanja susjeda, 2015 (pdf)

Šebrek, T. Sufiksno stablo, 2015 (pdf)

Rahle, B.  Simplification of the Overlap Graph, 2014 (pdf

Dvorničić, M.  De novo metagenomic assembly using Bayesian model-based clustering, 2014 (pdf)

Šošić, Matija, Identify pathogen organisms from a stream of RNA sequences, 2014 (pdf)

Jerković, I.  RNA-seq mapper, 2014 (pdf)

Županović, V.  Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma, 2014, (pdf)

Osrečki, M.  Otkrivanje preklapajućiih DNA očitanja, 2014 (pdf)

Vujević, I. Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova, 2014 (pdf)

Žuljević, P.  Alat za poravnanje genoma, 2014 (pdf)

Korpar, M.  SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora, 2013 (pdf)

Kušević, K. Računalne metode za određivanje proteinskih interakcija, 2013

Pavetić, F.  Tool for aligning long DNA reads, 2013

Blažeka, D.  Web sučelje za poravnanje sljedova, 2013 (pdf)

Mikulić, M.  GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova,2013 (pdf)

Pavlović, D. Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja, 2013 (pdf)

Humski, D. Alternativno spajanje eksona, 2013 (pdf)

Bulović, A. Program za automatsku analizu proteina kodirajućih gena, 2012 (pdf)

Hucaljuk, J.GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti, 2012 (pdf)

Rakipović, A. BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala, 2012 (pdf)

Jerković, I.  Make Me Move - didaktička računalna igra za učenje strukturne molekularne biologije, 2012 (pdf)

Šošić, M. Implementacija FM indeksa, 2012 (pdf)

Šošić, M. Implementacija komprimirane podatkovne strukture za pretraživanje teksta temeljene na FMindeksu, 2012 (pdf)

Slijepčević, I. Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine, 2012 (pdf)

Žužić, G. GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti, 2012 (pdf)

Rahle, B. SWIG - Poravnanje struktura korištenjem iterativne primjene Smith-Waterman algoritma, 2012 (pdf)

Županović, V. Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida, 2012 (pdf

Korpar, M. Implementacija Smith-Waterman algoritma koristeći grafičke kartice sa CUDA arhitekturom, 2011 (pdf)

Kušević, K. Implementacija algoritma za računanje proteinskih interakcija, 2011 (pdf)

Blažeka, D. Pronalaženje epistatskih interakcija pomoću algoritma kolonije mrava, 2011 (pdf)

Osrečki, M. Adaptivna valična transformacija ostvarena na CUDA arhitekturi, 2011 (pdf)

Popović, I. Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka, 2011 (pdf

Antulov-Fantulin, N. Alat za prianjanje proteina: Moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata, 2010 (pdf)

Čanadi, I. Alat za prianjanje proteina: Modul za pripremu prianjanja, 2010 (pdf)

Sović, I. Alat za prianjanje proteina: Modul za vizualizaciju, 2010 (pdf)

Čolić, D.  Alat za prianjanje proteina: Modul za utvrđivanje interakcija, 2010 (pdf)

Čurić, J, Analiza sekundarne strukture metodom digitalne obrade signala, 2010 (pdf)

Petrović, j. Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma, 2010 (pdf)

Janjić, S. Predviđanje  mjesta sekundarne strukture proteina iz slijeda aminokiselinskih ostataka, 2010 (pdf)

Tus, A. Baza podataka metala u proteinima, 2010 (pdf)

Peretin, G. Baza zastupljenosti metala u proteinima, 2010 (pdf)

Piškorec, M. Multiresolution analysis of macromolecular_structures, 2010 (pdf)

Bokšić, M. Analiza kodirajućih regija u genomu, 2009 (pdf)

Bellotti, M.  Predviđanje kodirajućih regija u genomu korištenjem poznatih klasifikacijskih metoda, 2009 (pdf)

Baličević, V.  Predviđanje kodirajućih regija u genomu metodama digitalne obrade signala, 2009 (pdf)

Štimac, M. Klasifikacija kodirajućih regija u genomu, 2009 (pdf)

Pejaković, A.  Predviđanje mjesta proteinskih interakcija iz slijeda AA ostataka i RASA, 2009 (pdf)

Orlović, T. Napredni alat za analizu površina proteina i mjesta proteinskih interakcija, 2008 (pdf

Puđa, T. Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda AA ostataka, 2008 (pdf)

Parađina, N. Analiza DNK metodama obrade signala u vremenskoj i frekvencijskoj domeni, 2009 (pdf)

Dragosavljević, V. Predviđanje mjesta proteinskih interakcija iz profila slijeda AA ostataka, 2008 (pdf)

Čurić, J.  Modul za računanje prianjanja proteina koristeći elektrostatski potencijal, 2008 (pdf)

Čolić, D. Predviđanje mjesta proteinskih interakcija iz sekvence aminokiselina, 2008 (pdf)

Sović, I. Vizualizacija makromolekula, 2008 (pdf)

Petrović, J. Automatska izrada testnog skupa za predviđanje proteinskih interakcija, 2008 (pdf)

Prebeg, I.  Primjena distribuiranih računalnih sustava za javno računanje u prianjanju proteina, 2008 (pdf)

Peretin, G. Analizator mrežnog protokola korištenjem Needleman Wunsch algoritma, 2008 (pdf)

Crnković, M. Program za računanje elektrostatskog potencijala na površini makromolekula, 2007 (pdf)

Dokmanić, I.  Algoritam za perdviđanje proteinskih kompleksa korištenjem razvoja površine u redove funkcija, 2007 (pdf)

Klarić, I. Algoritam za prepoznavanje proteinskih interakcija u biomedicinskim člancima, 2006 (pdf)

Majić, I. Predviđanje proteinskih interakcija rastavom proteinskih kompleksa, 2006 (pdf)

Mihel, J. Alat za analizu površina proteina i mjesta_proteinskih interakcija, 2006 (pdf)

Šplihal, D. Predviđanje mjesta proteinskih interakcija iz sekvence aminokiselina, 2006 (pdf)